ประวัติโดยย่อของโรงเรียน โรงเรียนมุกดาลัย เดิมชื่อว่า โรงเรียนประจำอำเภอมุกดาหาร “ทรงวิทยา” ตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2453 สมัยพระยาสมุทรศักดารักษ์ ดำรงตำแหน่งเป็นนายอำเภอมุกดาหาร โดยมี นายหนู ศรีสุริยจันทร์ ดำรงตำแหน่งเป็นครูใหญ่คนแรก ต่อมา พ.ศ. 2461 เมื่อสมัย รองอำมาตย์โทขุนผดุงนิคมเขต (พระปทุมเทวาภิบาล) เป็นนายอำเภอ นายคี รัตนกาล ครูใหญ่ ได้ขอบริจาคเงินจากประชาชน และข้าราชการ ก่อสร้างอาคารเรียนถาวร ก่ออิฐถือปูนทรงมะลิลาขึ้นตามแบบแปลนของอำมาตย์เอกพระยาพนมคธานุรักษ์ ผู้ว่าราชการจังหวัดนครพนม โดยมีนายอำเภอเมืองมุกดาหารเป็นผู้ควบคุมการก่อสร้างและก่อสร้างในที่นาของราษฎร ซึ่งมีขนาดกว้าง 93 เมตร ยาว 280 เมตร โดยมีอาณาเขตดังนี้
ทิศเหนือ จด ถนนพิทักษ์พนมเขต
ทิศใต้ จด ที่ราษฎร
ทิศตะวันออก จด ถนนพิทักษ์สันติราษฎร์
ทิศตะวันตก จด ถนนแก้วกินรี
การก่อสร้างอาคารเรียนได้เสร็จเรียบร้อยใน พ.ศ. 2464 รวมค่าก่อสร้างทั้งสิ้น 8,826 บาท 29 สตางค์ และทำพิธีเปิดเมื่อวันที่ 20 พฤษภาคม 2464 ได้จัดงานฉลองอาคารเรียนหลังใหม่ พร้อมกับเปลี่ยนชื่อโรงเรียน “ทรงวิทยา” เป็นโรงเรียนประจำอำเภอมุกดาหาร “มุกดาลัย” โดยได้รับพระราชทานนามจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 6
พ.ศ. 2495 นายสง่า ไทยยานนท์ นายอำเภอเมืองมุกดาหาร นายสมชาย จันทรผล ศึกษาธิการอำเภอ นายเบ็ง จันทรโคตร ครูใหญ่ได้ขอเปลี่ยนชื่อจาก “มุกดาลัย” เป็น “มุกดาวิทยาลัย” แต่ไม่ได้รับอนุญาตจึงยังคงเป็นโรงเรียนมุกดาลัยอยู่เช่นเดิม โรงเรียนมุกดาลัยได้ดำเนินการปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียนอยู่ตลอดเวลา เพื่อให้เหมาะสมกับจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้นอยู่ตลอดเวลา
ในปี พ.ศ. 2497 นายชูสง่า ไชยพันธ์ นายนินทร์ ศิริมาตย์ ศึกษาธิการ นายเบ็ง จันทรโคตร ครูใหญ่ ได้จัดสร้างโรงอาหาร ห้องน้ำ ห้องส้วม ขึ้นในปี พ.ศ. 2501 เกิดวาตภัยร้ายแรง อาคารได้รับความเสียหาย จึงของบประมาณซ่อมแซมใน พ.ศ. 2502 โดยได้รับงบประมาณ 22,000 บาท ในสมัยนายสิทธิ์ ณ นครพนม เป็นนายอำเภอ นายมานะ อินทรเจริญศักดิ์ เป็นศึกษาธิการอำเภอ
พ.ศ. 2509 โรงเรียนมุกดาลัยได้โอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัด กระทรวงมหาดไทยและได้สร้างอาคารเรียนครึ่งตึกครึ่งไม้โดยใช้งบประมาณ 100,000 บาท พ.ศ. 2513 นายเฉิดศักดิ์ แสนวิเศษ ได้มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และอาจารย์ใหญ่ในเวลาต่อมาและในปีนี้ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารไม้ชั้นเดียว จำนวน 103,000 บาท
พ.ศ. 2520 ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนครึ่งตึกครึ่งไม้สองชั้น จำนวน 1 หลัง และยุวสมาคมแห่งประเทศไทยมุกดาหาร ได้สร้างสนามบาสเกตบอลพื้นคอนกรีต ขนาดกว้าง 10 เมตร ยาว 15 เมตร และผู้ปกครองนักเรียนได้สร้างเวทีกลางแจ้งให้ ขนาดกว้าง 6 เมตร ยาว 12 เมตร สูง 1 เมตร
พ.ศ. 2523 สมาคมครู ผู้ปกครองนักเรียนได้ก่อสร้างถนนคอนกรีต ขนาด กว้าง 4 เมตร ยาว 61 เมตร หนา 15 เซนติเมตร ให้โรงเรียน และเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2523 ทางราชการได้โอนโรงเรียนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ
พ.ศ. 2527 ยุวสมาคมแห่งประเทศไทยจังหวัดมุกดาหาร ได้สร้างลานคอนกรีตอเนกประสงค์ ขนาดกว้าง 21 เมตร ยาว 36 เมตร ให้โรงเรียนและได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน 3 ชั้น และ สปช. 406/2526 โดยมีสำนักงานการประถมศึกษาจังหวัดมุกดาหารยืมใช้เป็นอาคารสำนักงาน
พ.ศ. 2532 – 2536 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 4 รายการ คือ ปรับปรุงสนามฟุตบอล สร้างสนามวอลเลย์บอล ถนนคอนกรีต ปรับปรุงระบบประปา ซ่อมแซมไฟฟ้าในโรงเรียนและนอกจากนั้นชุมชนยังได้บริจาคเงินเพื่อสร้างและปรับปรุงด้านอาคารสถานที่ให้แก่โรงเรียน ดังนี้
ปรับปรุงซุ้มประตูพิทักษ์สันติราษฏร์ ซุ้มประตูแก้วกินรี ถนนคอนกรีต สร้างซุ้มประตูเทวาภิบาล ซุ้มประตูคุ้มเจ้าเมือง สร้างสวนสุขภาพราวิน ธนบัตร สนามเด็กเล่น ลานคอนกรีต ทางเท้าร่องระบายน้ำรอบอาคารเรียน
ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2537 นายปรีชา ทองบพิตร ได้รับการแต่งตั้งเป็น ผู้อำนวยการโรงเรียน ระดับ 9 จนถึงเดือน กันยายน พ.ศ. 2537 ได้เกษียณอายุราชการ โดยมีนายอมร ศรีสุริยจันทร์ เป็นผู้รักษาการในตำแหน่ง
พ.ศ. 2537 นายจณัตว์ โภคสวัสดิ์ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนมุกดาลัย จนถึง พ.ศ. 2541
พ.ศ. 2541 นายพยุงพงษ์ บุญเติม ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนมุกดาลัย จนถึง พ.ศ. 2551
วันที่ 27 มิถุนายน 2550 โรงเรียนมุกดาลัยได้รับเงินบริจาค จากพ่อค้า ประชาชน ครูและผู้ปกครองนักเรียน จำนวน 164,487 บาทในการปรับปรุง ก่อสร้างป้ายโรงเรียนแบบถาวร
วันที่ 27 เดือน ตุลาคม 2551 นายประทีป โรจนาพงษ์ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนมุกดาลัย จนถึงปี พ.ศ. 2557
วันที่ 2 ธันวาคม 2551 มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ได้ใช้พื้นที่โรงเรียนมุกดาลัย ก่อสร้างศูนย์การเรียนรู้เทคโนโลยี งบประมาณ 19,200,000 บาท
วันที่ 27 เดือน ตุลาคม 2557 นายประยูร บุญประสพ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนมุกดาลัย จนถึง 30 กันยายน 2557
วันที่ 7 เดือนเมษายน พ.ศ. 2559 นายศุภศิษฐ อินทรวิเศษ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนมุกดาลัย จนถึง 8 พฤศจิกายน 2561
วันที่ 25 ตุลาคม 2561 นายชาติชาย ก่อคุณ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ
โรงเรียนมุกดาลัย จนถึง 30 กันยายน 2567
วันที่ 13 พฤศจิกายน 2561 บริษัทนครชัยแอร์ บริจาคเงินเพื่อสนับสนุนการจัดการเรียนรู้ของโรงเรียนมุกดาลัย รวมเป็นเงิน จำนวน 100,000.- บาท
วันที่ 23 พฤศจิกายน 2561 ธนารักษ์พื้นที่มุกดาหาร มอบอาคารเทพรัตน์คุรุปราการ
ให้โรงเรียนมุกดาลัย เพื่อใช้ประโยชน์
วันที่ 1 ธันวาคม 2561 สมาคมศิษย์เก่า ผู้ปกครองและครูโรงเรียนมุกดาลัย มอบเงินผ้าป่าเพื่อการศึกษา รวมเป็นเงิน จำนวน 103,103.50.00 บาท
วันที่ 1 ธันวาคม 2562 สมาคมศิษย์เก่า ผู้ปกครองและครูโรงเรียนมุกดาลัย มอบเงินผ้าป่าเพื่อการศึกษา รวมเป็นเงิน จำนวน 99,951.00 บาท
วันที่ 1 ธันวาคม 2563 สมาคมศิษย์เก่า ผู้ปกครองและครูโรงเรียนมุกดาลัย มอบเงินผ้าป่าเพื่อการศึกษา รวมเป็นเงิน จำนวน 129,108.00 บาท
วันที่ 25 มีนาคม 2564 รับประทานทุนโรงเรียนจำนวน 100,000 บาท และทุนนักเรียนจำนวน 10,000 บาท พร้อมเกียรติบัตร จากมูลนิธิเครือข่ายสถาบันการศึกษาในรัชกาลที่ 6 ประทานรางวัลโดย พลเอกหม่อมเจ้าเฉลิมศึก ยุคล ณ หอวชิราวุธานุสรณ์ เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร
วันที่ 23 มีนาคม 2566 รับประทานทุนโรงเรียนจำนวน 100,000 บาท และทุนนักเรียนจำนวน 10,000 บาท พร้อมเกียรติบัตร จากมูลนิธิเครือข่ายสถาบันการศึกษาในรัชกาลที่ 6 ประทานรางวัลโดย พลเอกหม่อมเจ้าเฉลิมศึก ยุคล ณ หอวชิราวุธานุสรณ์ เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร
วันที่ 29 มีนาคม 2567 รับประทานทุนโรงเรียนจำนวน 100,000 บาท และทุนนักเรียนจำนวน 10,000 บาท พร้อมเกียรติบัตร จากมูลนิธิเครือข่ายสถาบันการศึกษาในรัชกาลที่ 6 ประทานรางวัลโดย พลเอกหม่อมเจ้าเฉลิมศึก ยุคล ณ หอวชิราวุธานุสรณ์ เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร
วันที่ 5 กรกฎาคม 2567 นายสุวัฒน์ ชัยสันติตระกูล บริจาคเงินเพื่อสร้างโดมหลังคามุงเวที หน้าอาคารเรียน รวมเป็นเงิน 100,000 บาท
วันที่ ๑ ตุลาคม 2567 นายสุรศักดิ์ จันทรโคตร ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ
โรงเรียนมุกดาลัย จนถึงปัจจุบัน
วันที่ 2 ธันวาคม 2567 สมาคมศิษย์เก่า ผู้ปกครองและครูโรงเรียนมุกดาลัย มอบเงินผ้าป่าเพื่อการศึกษา รวมเป็นเงิน จำนวน 270,580.00 บาท
วันที่ 21 มีนาคม 2568 รับประทานทุนโรงเรียนจำนวน 100,000 บาท และทุนนักเรียนจำนวน 10,000 บาท พร้อมเกียรติบัตร จากมูลนิธิเครือข่ายสถาบันการศึกษาในรัชกาลที่ 6 ประทานรางวัลโดย พลเอกพระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าเฉลิมศึกยุคล ณ หอวชิราวุธานุสรณ์ เขตดุสิต กรุงเทพมหานคร